小肠起自胃的幽门，下端一直到回肠界处的结肠瓣为止，长约5～6米，相当于身长的4倍。小肠包括十二指肠、空肠、回肠三部分，是食物消化吸收的主要场所。它在生理上的作用比胃、大肠重要得多。人们因为治疗疾病的需要，可以割去整个胃或全部大肠，而仍能生活和工作，但是如果把小肠切除了，就不能生存。
十二指肠是小肠中最粗最短的一段，它大约有人的十二个手指并排起来那么长(约25厘米)，因而得名。这段肠子在生理功能上非常重要，小肠的大部分消化作用差不多都在这一段进行。整个十二指肠呈一个C形的弯曲，可分为四部：
第一部从胃的幽门开始走向胆囊颈部，长约5厘米，在X线检查下呈圆形或三角形，所以叫十二指肠球部。在食物通过肠管的过程中，因此部接着胃的幽门部，酸性食物还没来得及被小肠的碱性液体所中和，所以这个部位容易发生溃疡，溃疡多好发于十二指肠球部的前侧壁；第二部叫降部，在胰头的右侧下降，胆总管和胰管都开口于此部。第三部是横行部，以水平方向横行过右侧输尿管、下腔静脉及腹主动脉，达第三腰椎左侧。第四部是深部，向上并略向左，沿脊柱的左侧止于第二腰椎水平，然后急转向下向前并向左接空肠，并形成十二指肠空肠曲。创造一个碱性的环境，以适于肠内的滑化酶发生作用，帮助食物的消化吸收。
空肠和回肠两者之间没有明显的分界线，一般认为近端五分之二为空肠，远端五分之三为回肠。空肠和回肠在肠腔内有很大的活动性，仅通过肠系膜根自左上方斜向右下方附着在腹后壁上。全部小肠主要盘踞在结肠围成的方框和小骨盆内，大体上空肠的上段在左上腹、下段在右上腹；回肠上段分布在左下腹、盆腔，回肠末端则在右下腹，最后进入盲肠。
